分子生物学的“中心法则”通常将信使RNA(mRNA)作为蛋白质合成中携带信息的中间产物。近些年来,各种不编码蛋白的RNA(ncRNA)被发现,如microRNAs、lncRNA和CircRNA,其功能范围包括从表观遗传调控到转录调控和信号转导。因此,目前对RNA主要根据蛋白质编码能力分为mRNA和ncRNA。
然而,近年来的研究表明,许多以前注释为ncRNA的RNA具有蛋白质编码功能。例如,LncRNA LINC00961可编码一种名为SPAR的肽,它可以与溶酶体v-ATPase相互作用,负向调节mTORC1的激活。另一方面,一些mRNA也被证明具有独立于其所编码蛋白质的非编码功能。例如,p53的mRNA可以与MDM2相互作用,阻断E3连接酶的活性,刺激p53 mRNA的翻译。这些研究证据表明,在某些情况下,某些mRNA可能能够发挥与ncRNAs类似的调控功能。
有鉴于此,研究人员将同时具有蛋白质编码和非编码功能的RNA被称为“cncRNA”。在某种意义上,cncRNA的发现模糊了“编码”和“非编码”RNA之间的界限,并促使研究人员重新考虑RNA的功能和进化。近年来,越来越多的cncRNAs被鉴定出来,包括可翻译的(translated)ncRNAs和可不被翻译(untranslated )的mRNAs,也有一些研究开始结合不同的高通量实验技术,如质谱、核糖体图谱和基于CRISPR的筛选来识别cncRNAs。
近日南方医科大学的Yang Zhang教授课题组在国际著名学术期刊《Nucleic acids research》发表了cncRNAdb数据库,该数据库记录了约2600条人工整理的cncRNA功能条目,并提供了实验证据,涉及20多个物种的2000多个RNA(包括1300多个可翻译的ncRNA和600多个翻译的mRNA)。cncRNAdb的网址为:http://www.rna-society.org/cncrnadb/
下面小编将为大家介绍下该数据库的基本情况:
点击进入Search模块后,可以看到3中搜索模式
❶ 大家可以在选择好“RNA Type”和“Organism”后,在下拉栏里选择“Gene Name”或者“Disease Name”,再在输入栏里输入基因名或者疾病名,点击搜索就可以显示结果;
❷ 另外,大家也可以通过定位染色体位置信息来搜索cncRNA;
❸ 最后,还可以通过输入蛋白质或者核酸序列信息进行搜索。
① 基本信息,如基因名,不同类型的ID,染色体定位信息,物种
开发人员在这部分做了一个结构树来展示数据库所包含的数据。大家可以根据自己的兴趣和需要,进行查找,点击白色的图标就可以进去查看相关结果。
在这个模块里,大家可以提交自己的研究里所发现的cncRNA数据信息